除了对地方制度进行了重新整改外，中华朝的中央行政、司法机构亦发生了一番不小的改动。随着海禁的开放、商业的发展、以及政府对庶政的日益重视，明朝中央行政结构过于简陋无法适应社会发展的问题也跟着日渐显露。当然这其实并不是什么新鲜问题。由于当初朱元璋在设计行政制度时，就带着不少乌托邦色彩。这位农民皇帝将他的国家当作了一个大村庄。商业、工业等等因素都被排斥在了国家的控制之外。然而，事实却是整个世界都在发展，无论皇帝愿意与否社会的分工都在变得越来越细化。国家这艘庞大的帆船，已经不可能再象二百多年前那样，在皇帝一人的督导下按照厘定分工合作的程序周而复始地运转了。它需要船上的每一个人都发挥其作用来应付可能发生的诸多暴风雨。
    于是在经历了隆武朝六年的摸索后，中华朝的新内阁由原来的六部，扩充为十二部，分设：内务部、财政部、文教部、外务部、枢秘部、警务部、工商部、农林部、工务部、军务部、陆军部、海军部。并依照《弘武宪诰》中的规定，由皇帝从这十二个尚书中指派内阁首相。借于孙露曾以兵部尚书的身份出任内阁首相，为了不给新朝遗留下隐患，防止日后军人弄权。黄宗羲等人便在修定《弘武宪诰》时特意注明军务、陆海三部尚书不得出任内阁首相。虽然此举明显限制了军方在内阁中的作用。但比起前朝来军人在政治上的地位还是得到了极大的提高。
    而新内阁中刑部的废除也标志着中华朝行政机构与司法机构的彻底分离。一直以来由刑部、督察院、大理寺构成的三法司是封建制度下典型的政法合一体系。这使得中国的司法制度始终难以得到独立。虽然孙露在隆武朝时便已将督察院与大理寺合并为司法院，但内阁依旧能通过刑部来控制整个司法系统。因此，为了让司法院能更好的制横内阁，此次的新内阁中废除了沿用百年的刑部。只保留其部分安全防暴职能，改由警务部替代。
    相比地方政府和内阁的改组，中华朝的司法机构这次变更的幅度就明显小得多。这一来是因为中华朝的司法体系刚刚开始独立，还未能完全成型。二来则是因为明朝的司法机构本来就比其他行政机构要臃肿得多。因此新朝依旧遵循隆武朝精简机构的原则，将最高司法机构定为“司法院”。司法院下设“大理寺”和“督察司”，并由此二司延承之前刑部的部分职能。其中大理寺作为中华朝的最高上诉机关，下设刑科、民科、吏科，分别处理刑事案件、民事案件、以及行政案件。
    中华朝这一系列的制度重整，不仅是为了整顿明朝的种种弊政治，更是为了摆脱之前六年军政内阁对国家的不良影响。特别是战争结束后军队的改制更是摆在孙露和内阁面前的严峻任务。当然军队乃是国家的根本。一味的放纵，或是一味的打压，都是危险的举动。只有在循序渐进中将军队由乱世的“战斗状态”转化为和平时代的“备战状态”，才不会使国家丧失安全和战斗力。而这一转变最先就是从划分军区开始的。此次军务部在先前划分的二十五个行政区的基础上，分别设立了甘陕路、辽蓟路、直隶路、闽粤路、滇贵路等五路军区。其中除直隶路担当战略预备军区外，其他各路军区都有明确的职责和作战对象。每一路军区各设一名督统，一名总监负责统领该路军区的军务。
    于是依照着中华朝有关行政、司法、军务的一系列设定，弘武皇帝孙露在登极的当天便签署了新内阁以及司法院的名单。分别由史可法任内务尚书、陈邦彦任财政尚书、朱舜水任文教尚书、李启新任外务尚书、陈子龙任枢秘尚书、范例任警务尚书、罗胜任工商尚书、沈廷扬任农林尚书、方以智任工务尚书、萧云任军务尚书、张煌言任陆军尚书、陈奇策任海军尚书。以此组成弘武内阁由陈邦彦出任内阁尚书。另由沈犹龙出任司法院左督御史；汤来贺出任司法院右督御史兼大理寺卿。
    毫无疑问在这份内阁与司法院大臣的名单当中复兴党占据了三分之二以上的席位。至于在司法院与内阁十二部下属的中高层官员中复兴党所占的比例更是远远超出了这个比例。当然这本就是众人意料之中的事。就象是由陈邦彦出任内阁首相一样，乃是众望所归的结果。至于史可法、朱舜水的留任则是更多的是出于对旧内阁的一种象征性的尊重。而陈子龙、沈廷扬两位东林党系的大臣依旧被留在内阁倒是让众人稍稍吃了一惊。可这都没有黄宗羲的落选让人觉得惊愕。
    作为内阁少壮派的代表人物，黄宗羲不但是陈邦彦的左膀右臂，陈子壮的得意门生，更是弘武帝孙露的心腹宠臣。就连这次极其重要的《弘武宪诰》也都是由他负责编撰的。因此之前人们便已然将他视做了未来新内阁的宠儿。然而让所有人都大跌眼镜的是，这一次内阁尚书的名单中竟压根儿没有提黄宗羲的名字。这不仅让局外人觉得不可思议，难以理解。就连黄宗羲本人对此事也抱有很大的想法。因此此刻的他虽身处皇宫陪着君王下棋，却远没有先前报告《弘武宪诰》时那么兴致高昂了。
    黄宗羲的这点小小心理活动自然是逃不过孙露那双慧眼的。却见她一边揣摩着棋子儿，一边悠然地开口道：“黄大人今日的兴致不高嘛。还是在想内阁尚书的事吗？”
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